با شروع مبارزات اسلامی، مراجع عظام تقلیدِ مقیم حوزه‌های علمیه‌ی قم، مشهد، و نجف اشرف هر یک به فراخور موقعیت خود مجاهدات و فعالیت‌های روشنگرانه‌ای کردند. در میان مراجع عظام تقلیدِ مقیم نجف اشرف آیت‌الله العظمی شاهرودی روابط دوستانه و صمیمی‌ای با حضرت امام(ره) داشت و در ایام تبعید امام خمینی (ره) مراودات ایشان در اسناد و گزارش‌های ساواک منعکس گردیده است. آیت‌الله العظمی شاهرودی پیش از آن از جمعیت فدائیان اسلام نیز حمایت کرده بود.

مبارزات وی با احزاب کمونیستی، حزب بعث عراق و مخالفت با اخراج ایرانیان از عراق توسط آن حزب به اوج خود رسید و در نتیجه بیت معظم له توسط مأموران بعثی مورد تعرض قرار گرفت.