مرحوم حاج سید مصطفی در روز چهارشنبه 12 ذیقعده 1320 هجری قمری در بین جاده خمین به اراک ترور می شود. با توجه به اینکه ایشان متولی بخشی از موقوفات خمین بوده است،آیت الله سید حسین قمی از علمای بزرگ آن روزگار طی حکمی یکی دیگر از علمای خمین را به این سمت منصوب می نماید. ایشان در این حکم که در تاریخ 10 صفر 1321 هجری قمری یعنی حدود سه ماه پس از قتل مرحوم حاج سید مصطفی نوشته شده از عبارت «شهید» که بار معنایی ویژه ای در فرهنگ اسلام دارد ،استفاده کرده است .این نامه قدیمی ترین سند در این خصوص بوده و دارای ارزش تارخی است که از لابلای اسناد موجود در بایگانی سازمان اوقاف پیدا شده است، متن نامه و تصویر آن که برای اولین بار توسط آقای امید رضائی در کتاب«پنجاه و یک عریضه و حکم شرعی منتشر شده بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
بلی از مرقومات علماء اعلام اصفهان ضاعف الله اقدار هم و فرامین سلاطین صفویه قدس الله اسرار هم مکشوف و معلوم شد که موقوفات مسطوره در متن،وقف برنجف اشرف می باشد و چون متولی معین نداشته،تولیت آن را احکام شرع اصفهان،به مرحوم مبرور جنت مکان آقای سید مصطفی طاب ثراه و جناب متسطاب عمده العلماء الاعلام شریعتمدار آخوند ملا محمد جواد خمینی دام بقاه واگذار فرموده بودن و اکنون که عاشر صفر است من شهور سنه 1321 مرحوم آقا سید مصطفی به گوله اشقیاء و اشرار شهید شده اند لذا جناب مستطاب عمده العلماء الاصفیاء و صفوه السادات الاجله الاتقیا آقای سید محمد کمره ای خمینی را در محل آن مرحوم نصب و به جناب شریعتدار آخوند محمد جواد سلمه الله مضموم داشتم که ان شاءالله با رعایت کمال احتیاط کماهو المامول من جمنابهما دام علائهما انتفاعات املاک مسطوره را در مصارف مقرره خود مصروف دارند . حرره الاحقر حسین الرضوی القمی عفی الله عنه.
(محل مهر حضرت مستطاب،حجه الاسلام و المسلمین میرزا سید حسین قمی ادام الله)