پایگاه مركز اسناد انقلاب اسلامی؛ تقریبا تمامی ناظران اقدامات گروه فرقان از شخصیت‌های نزدیك به امام خمینی(ره) گرفته تا اعضای لیبرال نهضت آزادی و برخی مسئولان امنیتی وقت معتقدند كه محمد موسوی خوئینی‌ها، امام جماعت وقت مسجد جوستان شمیران نقش مهمی در شكل‌گیری افكار افراطی اكبر گودرزی، رئیس گروهك فرقان و دیگر شاگردانش داشته است.
براساس مندرجات كتاب "تركیب التقاط و ترور" كه توسط "مركز اسناد انقلاب اسلامی" منتشر شده است، روحانیون نزدیك به شهید مطهری می‌گویند شهید مطهری تفسیرهای موسوی خوئینی‌ها را "ماركسیستی" و "تفنگی" می‌دانست. آیت‌الله مهدوی‌كنی در همین رابطه می‌گوید: بعضی‌ها در بیاناتشان، حرف‌هایی می‌زدند كه برای منافقین مطلوب بود، حتی آیات قرآن را طوری تفسیر می‌كردند كه خلاف واقع بود. آقای مطهری از اینها خیلی ناراحت بود و می‌گفت این سبك تفسیر، تفسیر كمونیستی،ماتریالیستی و تفنگی است. حجت‌الاسلام ناطق نوری، قاضی اصلی دادگاه اعضای گروهك فرقان نیز صراحتا به تاثیر آموزه‌های موسوی خوئینی‌ها بر اعضای این گروهك اشاره می‌كند.
چنانچه حجت‌الاسلام شجونی می‌گوید، گودرزی بعد از آنكه از طرف علمای محترم و شناخته شده حوزه‌های علمیه از جمله آیت‌الله شیخ حسن سعید، آیت‌الله سید هادی خسروشاهی و آیت‌الله مجتهدی طرد شد توسط موسوی خوئینی‌ها پذیرفته شد.
به گفته حجت‌الاسلام شجونی، موسوی خوئینی‌ها از جمله كسانی بود كه قبل از انقلاب به این ذهنیت دامن می‌زد كه هر نوع فعالیتی در دستگاه‌های دولتی و شبه دولتی، كمك كردن به رژیم پهلوی است. وی علنا می‌گفت آقای مطهری و آقای مفتح كه تدریس در دانشگاه را پذیرفته‌اند با حكومت سازش كرده‌اند؛ این درحالی بود كه شهید مطهری و شهید مفتح به تبیین اندیشه‌های اسلامی در دانشگاه می‌پرداختند كه موجب گرایش هرچه بیشتر دانشجویان به نهضت اسلامی می‌شد.
براساس شواهد تاریخی، خوئینی‌ها پس از آشنایی با گودرزی، رئیس گروهك فرقان٬ او را به مسجد خمسه فرستاد. بنابراین این مسجد از همان زمان تبدیل به یكی از پایگاه‌های ترویج افكار گودرزی شد و او بسیاری از اعضای گروه فرقان را در همان مسجد جذب كرد.
علاوه بر نیروهای اسلامی مبارز، شخصیت‌های ملی مذهبی نیز به تاثیر تفاسیر موسوی خوئینی‌ها در شكل‌گیری گروهك فرقان صحه می‌گذارند. هاشم صباغیان، وزیر كشور دولت موقت و از اعضای ارشد نهضت آزادی درباره چگونگی رشد و فعالیت فرقانی‌ها می‌گوید: «خود من بعدها ماهیت آنها [فرقانی‌ها] را فهمیدم و متوجه شدم كه از محصولات جلسات تفسیر آقای موسوی خوئینی‌ها هستند.»
در پرونده دیگر اعضای گروه فرقان نیز مطالعه آثار تفسیری موسوی خوئینی‌ها دیده می‌شود. به عنوان نمونه "علیرضا شاه‌بابابیگ تبریزی" در پاسخ به این سوال كه چه كتاب‌هایی را مطالعه كرده است از تفسیر سوره حمد و بقره خوئینی‌ها نام می‌برد. علی حاتمی از مهم‌ترین عناصر ایدئولوژیك فرقان در اعترافاتش می‌گوید كه در جلسات سخنرانی خوئینی‌ها، با گودرزی آشنا شده است. علاوه بر اینها، كمال یاسینی قاتل شهید مفتح، عباس عسكری و محمد متحدی نیز مرتبا در جلسات تفسیر موسوی خوئینی‌ها شركت می‌كردند.
