در گزارش ساواک درباره حوزه علمیه آمده است: مراجع و مدرسین و سران درجه دوم حوزه علمی قم که هر یک واجد مقام اجتهاد و صاحب فتوا و مدرس علوم دین و مورد مراجعه مقلدین در بخشی از کشور می‌باشند به ترتیب مقام و درجه و اهمیت به شرح زیر می‌باشند.»نکته جالب توجه آنکه در فهرست یاد شده که نام کسانی همچون آیت‌الله گلپایگانی، شریعتمداری، علامه طباطبایی و ... آمده است ، از نام امام خمینی با عنوان «حاج آقا روح‌الله خمینی که از لحاظ درس حائز اهمیت است » یاد می‌کند بطوری که در آن دوره با 500 طلبه در درس خارج خود بیشترین شاگرد را نسبت به سایر علما دارد.
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ پس از تشکیل ساواک یکی از اولین نهادهایی که کنترل و مراقبت از وضعیت و تغییر و تحولات آن در دستور کار رژیم پهلوی قرار گرفت، نهاد روحانیت و به خصوص حوزه علمیه قم بود. حوزه قم که در آن زمان با گذشت قریب به 15 سال زعامت آیت‌الله بروجردی جایگاه علمی، دینی، سیاسی و اجتماعی خاصی پیدا کرده بود مهم‌ترین نهاد در مقابل رژیم پهلوی محسوب می‌شد. به همین جهت از روزهای اولیه تشکیل ساواک حساسیت‌ها به این نهاد مردمی بیش از پیش شد.
ساواک در نخستین گزارش خود از حوزه علمیه قم در 22 اسفند ماه 1335 مطالب مهمی پیرامون زعامت آیت‌الله العظمی بروجردی، مدرسین و اساتید سطح عالی حوزه و راهکارهای به انزوا کشاندن نهاد روحانیت قم را ارائه می‌دهد.
گزارشگر ساواک در ابتدای گزارش با عنوان "حوزه علمیه قم " می‌نویسد: « مرجع اول حاج آقا حسین طباطبایی بروجردی به عنوان فرد اول شناخته شده است تعدادی بیش از پنج هزار نفر از طلاب مقیم قم اساس معیشت آن‌ها به مساعدت آقای بروجردی منوط می‌باشد.»
در ادامه با تشریح نحوه مدیریت حوزه‌ها و تأمین مخارج آن به خصوص معیشت طلاب، فهرستی از اساتید سطح عالی حوزه ارائه می‌شود که در این باره آمده است: « مراجع و مدرسین و سران درجه دوم حوزه علمی قم که هر یک واجد مقام اجتهاد و صاحب فتوا و مدرس علوم دین و مورد مراجعه مقلدین در بخشی از کشور می‌باشند به ترتیب مقام و درجه و اهمیت به شرح زیر می‌باشند.»
نکته جالب توجه آنکه در فهرست یاد شده که نام کسانی همچون آیت‌الله گلپایگانی، شریعتمداری، علامه طباطبایی و ... آمده است ، از نام امام خمینی با عنوان « حاج آقا روح‌الله خمینی که از لحاظ درس حائز اهمیت است » یاد می‌کند بطوری که در آن دوره با 500 طلبه در درس خارج خود بیشترین شاگرد را نسبت به سایر علما دارد.
گزارشگر پس از بررسی ابعاد مختلف حوزه علمیه در پایان برای تحت‌الشعاع قرار دادن اثرات حوزه قم چنین پیشنهاد می‌دهد: « اگر در تهران سازمان دینی به وجود آید و از مقدورات فعلی مثل مسجد سپهسالار دستگاه تولیت قم - دستگاه تولیت آستانه - در حوزه علمیه قم پرتو اندازد می‌توان غیرمستقیم این حوزه را تحت تأثیر ابهامات مفید قرار داد و بیش از هر دستگاه تبلیغی برای ارشاد و رهبری افکار عمومی بخش مهمی از مردم کشور اقدام نمود.»
