مشکینی فداکارترین طرفدار [امام] خمینی است و می‌توان وی را تنها فرد همراه با [امام] خمینی دانست. وقتی که [امام] خمینی [در 15 خرداد 1342] بازداشت بود مشکینی نذر می‌نماید که چنانچه [امام] خمینی از زندان خلاص شود آنچه موجودی دارد بین طلاب حوزه قم تقسیم نماید. به مجرد اینکه [امام] خمینی آزاد می‌شود این کار را نموده حتی اثاثیه و مایحتاج خود را به طلاب می‌دهد.
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله علی مشکینی یکی از فضلا و مدرسین برجسته حوزه علمیه قم بود که در دهه 40 و آغاز نهضت اسلامی همراه واقعی امام خمینی محسوب می‌شد. موضوعی که در اسناد تاریخی هم به آن اشاره شده است.
در گزارشی از ساواک مربوط به مردادماه سال 1346، با اشاره به سفر آیت‌الله مشکینی به مشهد آمده است:
«موضوع: علی مشکینی
شیخ عبدالرحیم رحیمی طلبه مدرسه باقریه که در چهار سال قبل به منظور ادامه تحصیل به نجف اشرف مسافرت نموده به مشهد مراجعت [کرد] در تاریخ 46/5/16 در مسجد گوهرشاد در حضور عده‌ای از طلاب و وعاظ ضمن بحث درباره طرفداران خمینی اظهار می‌نماید: علی مشکینی که واعظ و مدرس مقیم قم می‌باشد اخیرا بنا به تقاضای عده‌ای از طلاب حوزه علمیه مشهد به مشهد وارد و همه روزه در مدرسه میرزا جعفر به تدریس مشغول است.
اضافه می‌نماید مشکینی فداکارترین طرفدار [امام] خمینی است و می‌توان وی را تنها فرد همراه با [امام] خمینی دانست. وقتی که [امام] خمینی [در 15 خرداد 1342] بازداشت بود مشکینی نذر می‌نماید که چنانچه [امام] خمینی از زندان خلاص شود آنچه موجودی دارد بین طلاب حوزه قم تقسیم نماید. به مجرد اینکه [امام] خمینی آزاد می‌شود این کار را نموده حتی اثاثیه و مایحتاج خود را به طلاب می‌دهد.»*
*آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، شماره بازیابی: 1221، سند شماره 73.
