پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیتالله سید مصطفی خمینی، فرزند ارشد امام، از آغاز نهضت اسلامی به عنوان مشاوری کاردان در کنار پدر بزرگوارش نقشی اساسی در پیشبرد امور نهضت داشت و از این رو رژیم پهلوی همواره از اقدامات و فعالیتهای وی واهمه داشت.
حجتالاسلام والمسلمین محمدجواد کشمیری در بخشی از خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است میگوید: اداره امور بیت امام و نظارت بر کارها و رفت و آمدها به عهده آیتالله آقا مصطفی خمینی بود اما با این حال هرگز در صدد مطرح کردن خود نبود و هیچ وقت نمیخواست خودش را جلو بیندازد.
این وضعیت تا زمان دستگیری حضرت امام ادامه پیدا کرد، اما بعد از بازداشت امام در جریان واقعه 15 خرداد، نقش حاج آقا مصطفی پررنگتر شد و ایشان بعد از دستگیری حضرت امام به حرم مطهر آمد و در جمع مردم سخنرانی کرد و سپس راهپیمایی عظیمی در شهر قم برپا شد که رژیم پهلوی هم ایشان را بلافاصله دستگیر کرد.
از این زمان تا هنگام تبعید حضرت امام، مرحوم حاج آقا مصطفی دو سه بار، آزاد و دستگیر شد. ایشان در زمان آزادیاش تلاش میکرد در جلسات خصوصی با طلاب و فضلا، با روشنگری، تنور انقلاب را گرم نگه دارد و با کمک طلاب و روحانیون، توده مردم را که تقریبا از اوضاع کشور بیخبر بودند بیدار کرده به صحنه انقلاب بکشاند.
بعد از تبعید حضرت امام به ترکیه، رژیم ابتدا از دستگیری و تبعید حاج آقا مصطفی خودداری نمود ولی پس از مدتی در حدود دو ماه متوجه شد همان خطری را که از ناحیه حضرت امام احساس میکردند دقیقا از سوی فرزند برومند ایشان متوجه دستگاه است و حضور ایشان میتواند منشأ وحدت و انسجام روحانیت و اقدامات و تحرکات آنان گردد. لذا مرحوم حاج آقا مصطفی را نیز ابتدا به ترکیه و سپس همراه حضرت امام به نجف تبعید کردند.
در نجف فعالیتهای سیاسی حاج آقا مصطفی علیه رژیم پهلوی بسیار شاخص بود. ضمن اینکه در کنار فعالیتهای انقلابی و مبارزاتی، درس و بحث و کارهای علمی را هم به خوبی انجام میداد.
ساواک هم روی حاج آقا مصطفی حساسیت زیادی داشت و تمام حرکات و اعمال ایشان را زیر نظر میگرفت. به طوری که ملاقات افراد با ایشان خیلی سخت بود. حتی من شنیدم که در سال 1355 درصدد برآمدند ایشان را ترور کنند که ناکام ماندند.