پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله شیخ مرتضی بنی‌فضل که در زمان انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری نظام جمهوری اسلامی توسط مجلس خبرگان از اعضای این مجلس بود، در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است می‌گوید: شب حدود ساعت ده و بیست دقیقه رهبر کبیر انقلاب به ملکوت اعلی پیوست. آن شب تا به صبح برسد به اندازه زیادی طول کشید.
فردا صبح اول وقت، جلسه خبرگان رهبری تشکیل شد. در مرحله اول وصیت‌نامه حضرت امام که مهر و موم شده بود توسط هیأت رئیسه مجلس بازگشایی و سپس توسط رئیس‌جمهور وقت، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای خوانده شد و تمام وقت قبل از ظهر مجلس را گرفت. پس از آن، کلیاتی پیرامون رهبری عنوان گردید و تفصیل آن به وقت عصر موکول شد.
بعد از ظهر بلافاصله جلسه پشت درهای بسته ادامه پیدا کرد. وقتی بحث پیرامون تعیین رهبری آینده آغاز شد، عده‌ای نظر به شورای رهبری متشکل از سه یا پنج نفر داشتند. حتی از آن‌هایی که جزو شخصیت‌های درجه یک نظام بودند، بعضی همین گرایش را داشتند. البته در نظر همه بالاتفاق آقای خامنه‌ای یکی از اعضای شورا بود. این را همه قبول داشتند. یعنی در میان خبرگان حتی یک نفر نبود که بگوید شورا باشد ولی آقای خامنه‌ای در آن نباشد.
بعد که نقاط ضعف و قوت شورای رهبری مطرح شد بر همه آقایان آشکار گردید که شورای رهبری در شرایط حساس و سرنوشت‌ساز مثل جنگ و صلح، پیامدهای ناگواری خواهد داشت و تصمیم‌گیری‌ها به این آسانی حاصل نمی‌شود. احتمال بروز اختلاف بین اعضای شورا زیاد است.
پس از بحث و بررسی طولانی، همه به تک رهبری رأی دادند. شخصی که برای رهبری مطرح شد، حضرت‌آیت‌الله خامنه‌ای بود. در این هنگام که ایشان از موضوع آگاه شد با نهایت ناراحتی و بی‌رغبتی خطاب به حاضران گفت: این کار را نکنید، این کار را نکنید.
بعضی از نمایندگان گفتند: آقا این موکول به نظر شما نیست، هرچه کل مجلس تصمیم گرفت آن خواهد شد و همه باید از آن تبعیت کنیم. بنابراین، رهبری آیت‌الله خامنه‌ای به رأی نمایندگان گذاشته شد و با اکثریت قاطع آرا به تصویب رسید.
