پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آبان ماه 1356 با درگذشت ناگهانی حاج آقا مصطفی خمینی فرزند ارشد امام خمینی فرا رسید. فوت مشکوک یار و مشاور رهبر نهضت اسلامی زمینه مساعدی برای شعله‌ور شدن آتش اعتراضات و انتقادات علیه رژیم پهلوی بود. حوادث ناشی از این رویداد که در آستانه ماه‌های محرم و صفر صورت می‌گرفت؛ دستگاه امنیتی پهلوی را بر آن داشت تا با محدودیت و محکومیت یاران امام خمینی آن‌ها را تحت کنترل و مراقبت قرار دهد.
حوزه علمیه مشهد اطلاعیه‌ای منتشر کرد که خبر می‌داد مراسم چهلم درگذشت سید مصطفی خمینی در صبح جمعه یازدهم آذر مصادف با 20 ذی‌الحجه 1397 قمری ساعت 8 صبح در مسجد ملاهاشم برگزار خواهد شد. این اطلاعیه توسط طلبه‌ها دست‌نویس و تکثیر شد. آنچه مسلم است اجازه برگزاری این مراسم داده نشد، اما طلبه‌های مدرسه نواب اقدام به برگزاری مجلس یادبود کردند که با وساطت آیت‌الله خامنه‌ای از درگیری احتمالی میان طلاب و نیروهای شهربانی جلوگیری شد.
در همین روزها بود که آقای صادق خلخالی از قم تلفنی تماس گرفت و به آقای خامنه‌ای گفت تعدادی از مردم در پی برپایی مراسم چهلم آقا سید‌مصطفی دستگیر شده‌اند «و حتماً نوبت من و شما هم خواهد رسید. گفتم: چرا؟ به چه دلیل؟ من چه کار کرده‌ام که دستگیرم کنند؟»
شاید فردای گفت و گوی تلفنی آقای خلخالی با آقای خامنه‌ای بود که حکم تبعید آقایان عبدالرحیم ربانی شیرازی، صادق خلخالی، عبدالمجید معادیخواه، محمدجواد حجتی کرمانی و محمدمهدی املشی صادر شد.
در این اثناء تحرکات مشهد که این بار نه فقط در اندازه شمار اندکی از روحانیان مبارز، بلکه در مساحتی بزرگ‌تر که دانشگاهیان و توده‌های مردم را دربر می‌گرفت، برای سازمان اطلاعات و امنیت این شهر تحمل‌ناپذیر بود. شیخان، رئیس ساواک خراسان، دوازدهم آذر به اداره کل سوم پیشنهاد بازداشت سه تن از روحانیان مشهد را داد.
او نوشت: «با توجه به فعالیت‌هایی که اخیراً به نفع خمینی و به طرفداری از افکار دکتر شریعتی صورت گرفته و به‌صورت نصب شعارهای مضره و پخش اعلامیه‌ها در معابر و مراکز عالی آموزش مشهود گردیده، در نظر است به منظور مقابله با عوامل مذکور، عده‌ای از طرفداران خمینی و متعصبین مذهبی... دستگیر و منازل آنان مورد بازرسی واقع و در صورت کشف مدارک مضره تحت تعقیب قرار گیرند. پس از رسیدن این پیشنهاد به اداره کل سوم، یکی از مقامات اداره یادشده اذعان کرد که این قبیل بازداشت‌ها معمولاً بدون دلیل و مدرک صورت می‌گیرد و امکان تعقیب قانونی نیست؛ اینک نیز چنین است. وی پیشنهاد داد دستگیرشدگان به جای زندان، تبعید شوند: «چندین بار این افراد بازداشت شده، ولی دلایل و مدارک کافی جهت تعقیب قانونی در دست نبوده و هم اکنون نیز وجود ندارد. چنانچه تصویب می‌فرمایید وضعیت آنان در کمیسیون امنیت اجتماعی مطرح شده تبعید شوند.»
پرویز ثابتی، مدیر اداره کل سوم، با پیشنهاد تبعید موافقت کرد و نوشت: «با ذکر سوابق آن‌ها گزارشی عرضی تهیه تا با اخذ تصویب تبعید شوند.»
«گزارش عرضی» با طبقه‌بندی سرّی در 19 آذر ماه 1356 شمسی (دو روز پیش از آغاز محرم) نوشته شد که مشروح آن چنین بود:
« در فعالیت‌های اخلالگرانه‌ای که از چندی قبل در شهرهای شیراز و مشهد انجام گردیده، تعدادی از روحانیون افراطی و سابقه‌دار دخالت داشته‌اند. روحانیون مذکور با متمسک قرار دادن مسائل مختلف از جمله فوت مصطفی خمینی، پسر روح‌الله خمینی، ضمن سخنرانی‌های خلاف مصالح ملی افراد را تحریک به اخلال در نظم و دادن شعارهای ضد میهنی کرده‌اند، که نتیجه آن انجام تظاهرات خیابانی تعدادی از متعصبین مذهبی و شکستن شیشه‌های چند مغازه و شعب بانک در شهرهای مذکور بوده است. با توجه به نزدیک‌شدن ماه‌های محرم و صفر، روحانیون مورد بحث در تعقیب هدف‌های قبلی درصدد برخواهند آمد تا با استفاده از اجتماعات مذهبی که به مناسبت ایام سوگواری تشکیل می‌گردد، مجدداً با ایراد مطالب، متعصبین مذهبی را تحریک به انجام فعالیت‌های اخلالگرانه در سطح وسیع‌تری بنماید. به همین علت پیش‌بینی‌هایی برای خنثی‌نمودن اقدامات احتمالی آن‌ها به عمل آمده است. مع‌هذا برای مقابله مؤثرتر با اقدامات اخلالگرانه و تحریک‌‌آمیز این عده از روحانیون افراطی در شهرهای شیراز و مشهد که در ماه‌های محرم و صفر شرایط مناسب‌تری برای انجام تحریکات در اختیار خواهند داشت، تصمیم گرفته شد تا روحانیون زیر که سوابق ممتدی در تحریک مردم به اخلال در نظم دارند، تبعید گردند:
علی‌اصغر دستغیب، روحانی افراطی و اخلالگر مقیم شیراز.
علی‌محمد دستغیب، روحانی افراطی و اخلالگر مقیم شیراز.
سیدعلی خامنه‌ای، روحانی افراطی و اخلالگر مقیم مشهد.
شیخ علی مرادخانی ارنگه، روحانی افراطی مقیم مشهد.
حسین عمادی، روحانی افراطی مقیم مشهد.
نکته جالب اینجاست که این گزارش در بیستم آذر ماه به تصویب رئیس ساواک رسید؛ یعنی پیش از تشکیل کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی در شهرهای مشهد و شیراز، حکم تبعید از تهران صادر شد و ابلاغ گردید. پرویز ثابتی که متوجه این نعل وارونه بود، یک روز بعد، بیست و یکم آذر، از ساواک خواست که: سریعاً با تشکیل کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی، ترتیبی اتخاذ گردد که سه نفر روحانی مورد بحث [مشهد] برای سه سال به شهرهای بد آب‌و‌هوا تبعید شوند.
شیخان - رئیس ساواک خراسان - پس از آگاهی از تصمیم تهران، ساعت 9 صبح بیست و سوم آذر کمیسیون یادشده را در محل فرمانداری مشهد تشکیل داد و تصمیمی که باید ابتدا در این نشست گرفته می‌شد و با ابلاغ به تهران تأیید می‌گردید، به شکلی فرمایشی و ظاهری دوباره اتخاذ گردید. آقای خامنه‌ای «مدرس حوزه علمیه» به مدت سه سال به ایرانشهر، شیخ علی تهرانی سه سال به چابهار، و حسین عمادی معروف به شیخ «حسین شاهرودی» سه سال به سیرجان تبعید شدند.
ساواک ساعاتی پیش از آغاز جلسه کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی اقدام به دستگیری آقای خامنه‌ای کرد! در همین روز، مأموران ساواك به منزل آقای خامنه‌ای، واقع در خیابان خاكی، كوچه دبیرستان فروغ رفتند و با حضور خود ایشان و نماینده ساواك از منزل ایشان بازرسی به عمل آوردند و مقداری از كتاب‌ها، یادداشت‌ها و نامه‌های ایشان را با خود بردند و آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای به موجب رأی كمیسیون حفظ امنیت اجتماعی، كه در فرمانداری مشهد تشكیل شد، به سه سال اقامت اجباری در شهرستان ایرانشهر محكوم شد.
