بیش از 60 سال از فاجعه فیضیه در فروردین 1342 می‌گذرد؛ اما همچنان مانند دیگر وقایع تاریخی مناقشات زیادی پیرامون آن شکل گرفته است. در دوم فروردین 1342 عمال رژیم پهلوی با حمله به مراسم عزاداری شهادت امام صادق(علیه‌السلام) که از سوی آیت‌الله گلپایگانی در مدرسه فیضیه برگزار شده بود؛ دست به هتک حرمت بزرگی زدند. علاوه بر آتش زدن قرآن، ادعیه و عمامه طلاب و اهانت به مرجعیت شیعه این حادثه منجر به کشته و زخمی شدن تعدادی از طلبه‌ها و مردم شد. ساواک در گزارش خود به کلیه استاسیون‌های[ایستگاه‌های] خارج از کشور در 11 فروردین 1342 علی‌رغم تحریف ماجرا به کشته شدن یک نفر در این واقعه و همچنین کشته شدن دو نفر در واقعه مدرسه طالبیه تبریز اذعان می‌کند. پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ بیش از 60 سال از فاجعه فیضیه در فروردین 1342 می‌گذرد؛ اما همچنان مانند دیگر وقایع تاریخی مناقشات زیادی پیرامون آن شکل گرفته است.
در دوم فروردین 1342 عمال رژیم پهلوی با حمله به مراسم عزاداری شهادت امام صادق(علیه‌السلام) که از سوی آیت‌الله گلپایگانی در مدرسه فیضیه برگزار شده بود؛ دست به هتک حرمت بزرگی زدند. علاوه بر آتش زدن قرآن، ادعیه و عمامه طلاب و اهانت به مرجعیت شیعه این حادثه منجر به کشته و زخمی شدن تعدادی از طلبه‌ها و مردم شد.
در اسناد و خاطرات نهضت اسلامی اشارات صریح و مهمی به ابعاد گوناگون فاجعه فیضیه شده است. یکی از این مسائل کشته شدن فرد یا افرادی در این حادثه است.
اگرچه در مورد آمار شهدا و مجروحین اطلاعات دقیقی در دست نیست، ولی در اعلامیه‌ای که یک ماه بعد توسط آیت‌الله مرعشی نجفی به همین مناسبت منتشر شد آمده است: « گرچه آمار دقیقی از تلفات این واقعه جانگداز در دست نیست؛ لکن آنچه مسلم است عده زیادی از طلاب و محصلین علوم دینی مجروح و مفقودالاثر هستند که تعداد 95 نفر از مصدومین طبق آمار صحیح در دفتر جداگانه‌‌ی حقیر ضبط و تحت رسیدگی اینجانب می‌باشند و هنوز عده‌ای از آن‌ها تحت معالجه هستند.»
در حالی برخی در این زمینه تردیدافکنی می‌کنند که جدای از خاطرات و مشاهدات عینی بسیاری از ناظران، اسناد ساواک نیز به کشته شدن یک نفر در ماجرای فیضیه تاکید می‌کنند.
حجت‌الاسلام سید یونس رودباری اولین شهید نهضت اسلامی در فاجعه فیضیه بود. امام خمینی در اعلامیه خود به مناسبت چهلم شهدای فیضیه – که ساواک نیز آن را گزارش کرده- می‌نویسند: «چهل روز از مرگ و ضرب و جرح عزیزان ما گذشت. چهل روز است بازماندگان کشتگان مدرسه فیضیه بر عزیزان خود سوگواری می‌کنند. دیروز پدر قد خمیده مرحوم سید یونس رودباری که آثار عظمت مصیبت چهره‌اش را درهم شکسته بود، به ملاقات من آمد. با چه زبان می‌شود مادرهای فرزند مرده و پدرهای غمدیده را تسلیت داد؟ باید به پیغمبر اسلام - صلی الله علیه و آله - و امام عصر – عجل‌الله تعالی فرجه - عرض تسلیت کرد. ما برای خاطر آن بزرگواران سیلی خوردیم و جوانان خود را از دست دادیم. جرم ما حمایت از اسلام و استقلال ایران است. ما برای اسلام این همه اهانت شده و می‌شویم.»
علاوه بر این ساواک در گزارش خود به کلیه استاسیون‌های[ایستگاه‌های] خارج از کشور در 11 فروردین 1342 علی‌رغم تحریف ماجرا به کشته شدن یک نفر در این واقعه و همچنین کشته شدن دو نفر در واقعه مدرسه طالبیه تبریز اعتراف می‌کند: « روز دوم فروردین ماه جاری در مجلسی که در مدرسه فیضیه قم برگزار بوده چون واعظ مجلس بیاناتی علیه مصالح کشاورزان و کارگران و اصلاحات اساسی کشور ایراد می‌نموده لذا بین طلاب و کشاورزان و کارگران حاضر در مجلس تصادمی روی می‌دهد که منجر به مجروح گردیدن عده‌ای و کشته شدن یک نفر شده است ولی متعاقب آن مامورین انتظامی نظم را برقرار نموده‌اند. ضمنا در همان روز در تبریز نیز بین طلاب و جمعی از زنان و مامورین انتظامی تصادمی صورت گرفته که دو نفر مقتول و عده‌ای مجروح گردیده‌اند. سرلشگر پاکروان»
