پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ روزنامه جمهوری اسلامی در تاریخ 4 بهمن 1358 با انتشار عکس فردی به نام امرالله الهی خبر داد که شاخه نظامی فرقان کشف شد. بنا بر اطلاعیه‌ای که سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منتشر کرد، روز قبل ساعت 8 شب هنگامی که 3 تن از کادرهای اصلی فرقان که مرد شماره یک نظامی گروه هم جزو آنان بود، با هم قرار ملاقات داشتند.
پس از حدود 45 دقیقه تعقیب توسط یکی از واحدهای عملیاتی، مورد حمله قرار می‌گیرند و این افراد علی‌رغم تأکید پاسداران، مقاومت می‌کنند که طی درگیری، وفا قاضی‌زاده که نقش راننده ترور استاد مطهری را به عهده داشت، از ناحیه گردن مجروح می‌شود که بلافاصله به بیمارستان امام خمینی منتقل می‌شود؛ اما با وجود آنکه تلاش در بیمارستان تا صبح ادامه داشت این فرد تروریست از مرگ نجات نیافت.
همچنین طی بازجویی از دو فرد دستگیرشده دیگر، یک خانه تیمی مربوط به این گروه تروریستی در خیابان سپه سابق کشف شد. افراد بازداشت شده اعتراف کردند که طرح ترور حجت‌الاسلام محمدجواد باهنر را در دستور کار خود قرار داده‌اند تا روحیه مردم تضعیف شود.
به گزارش روزنامه جمهوری اسلامی، این افراد به سرقت بیش از یک میلیون تومان پول در 29 دی ماه همان سال از بانک ملی شعبه عباس‌آباد نیز اعتراف می کنند.
