سید محمد بهبهانی در ۱۲۹۱ق در تهران متولد شد. پدرش سیدعبدالله بهبهانی، از رهبران مشهور نهضت مشروطه به‌شمار می‌رفت. سیدمحمد بیشتر شهرت و نفوذ خود را مدیون پدرش بود. او نخستین آموزش‌های دینی را نزد پدرش فرا گرفت و گفته‌اند که در علوم عقلی از شاگردان میرزا ابوالحسن جلوه بوده است. پس از مدتی به نجف رفت و در فقه و اصول، در درس اساتیدی چون آخوند خراسانی حاضر شد.
آغاز فعالیت‌های سیاسی بهبهانی از دوره مشروطه و در کنار پدرش آغاز شد. پس از دوره استبداد صغیر و سقوط محمدعلی شاه، به عضویت شورایی از مشروطه خواهان درآمد که برای اعاده مشروطیت تشکیل شده بود. این شورا در نخستین جلسه، محمدعلی شاه را از سلطنت خلع کرد و احمد میرزا را به جای او نشاند. بهبهانی برای تشکیل مجلس نیز فعالیت زیادی کرد و در مجلس دوم به عنوان نماینده مردم تهران انتخاب شد. به تدریج نفوذ و اعتبار بهبهانی، به ویژه بعد از شهادت پدرش افزایش یافت به طوری که تقریباً در بیشتر حوادث سیاسی نقش داشت. یکی از اولین اقدامات او اعتراض به تبعید علما از عتبات توسط حکومت عراق و به دستور انگلیس، در ۱۳۰۲ ش بود.
وی در ۱۳۰۴ ش، به عضویت مجلس مؤسسان انتخاب شد و تا پایان سلطنت رضاخان با دربار مناسباتی داشت. با این همه ظاهراً تا پس از سلطنت وی در فعالیت اجتماعی مهمی شرکت نکرد.
در دوره محمدرضا پهلوی، بهبهانی، در جایگاه یک روحانی طراز اول تهران، نقش واسط بین مراجع تقلید و مردم با دربار را ایفا می‌کرد و با توجه به موقعیت دینی ـ اجتماعی خود از یک سو و نفوذ در دربار از سوی دیگر، نسبت به حل مشکلات سیاسی، اجتماعی و دینی مردم اقدام می‌نمود.
بهبهانی در ۱۳۲۷ ش، به همراه چهارده تن از مجتهدان، بیانیه‌ای را امضا کرد که در آن ظاهر شدن زنان در اماکن عمومی، بدون حجاب، حرام اعلام شده بود. بعد از این اطلاعیه، نخست وزیر وقت، با واسطه، از وی خواست که با توجه به نفوذ دینی خود، مردم را از تعرض به زنانی که رعایت حجاب را نمی‌کنند، بازدارد. در دوره نخست وزیری دکتر مصدق نیز، به نظر می‌رسد که مخالفت رهبران مذهبی بانفوذی همچون بهبهانی با لایحه اصلاح قانون انتخابات دولت، که خواستار اعطای حق رأی به زنان شده بود، در ناکام ماندن آن مؤثر بود.
در نهضت ملی شدن صنعت نفت و تلاش و مبارزه جدی نیروهای ملی و مذهبی برای تحقق این امر، بهبهانی حضور فعال نداشت و بنابر اظهارات خودش تا می‌توانست از مداخله در امور سیاسی فاصله می‌گرفت ـ هرچند گفته شده است که او هر زمان لازم می‌دانست در ابراز عقاید سیاسی خود تردید نمی‌کرد. بهبهانی، هیچگاه در شمار مدافعان دولت مصدق نبود و حتی در مواردی از دولت انتقاد می‌کرد؛ هرچند از برخی حرکت‌های گروه‌های سیاسی در مقابله با حکومت مصدق، حتی اقداماتی که جنبه دینی داشت، خرسند نبود و اظهار می‌کرد که «برای پیشرفت امور اجتماعی مرکزیت ضروری است، و گرنه تشتت افکار و اعمال سیاست‌های جاهلانه متکی بر احساسات در نهضت‌های اجتماعی و سیاسی موجب مفاسد و عدم موفقیت است ».
در نهم اسفند ۱۳۳۱، در پی اختلافاتی که بین دکتر مصدق و دربار پیش آمد، محمدرضا پهلوی تصمیم قطعی به سفر به خارج از کشور گرفت. بنابر گزارش‌های آن دوره، بهبهانی بیشترین نقش را در منصرف کردن شاه ایفا کرد. او گذشته از اقدامات مختلف برای جلوگیری از این سفر، از جمله گفتگوی تلفنی با نخست‌وزیر وقت و درخواست از او برای منصرف کردن شاه، در آخرین ساعت حرکت شاه به دربار رفت و با اصرار فراوان، بویژه پس از درخواست جدی تظاهرکنندگان از بهبهانی، سرانجام موضوع مسافرت را منتفی کرد. شماری از مبارزان نهضت ملی، بهبهانی را به دلیل این اقدام سرزنش کردند و غالب مورخان نیز نگاهی انتقادآمیز به آن دارند، تا جایی که اقدام او را نوعی همسویی با دربار و مخالفت با دکتر مصدق تلقی کرده‌اند.
در مرداد ۱۳۳۲، در پی اعلام همه پرسی مصدق راجع به انحلال مجلس هفدهم، که حتی با مخالفت بسیاری از نزدیک‌ترین یاران وی و نمایندگان طرفدار نهضت ملی روبرو شد، بهبهانی و آیت الله سیدابوالقاسم کاشانی اقدام مصدق را خلاف شرع و حرام دانستند. بهبهانی و کاشانی هرچند در مواردی در برابر مصدق موضع مشترکی داشتند، اما این موضع مشترک به منزله همسویی کامل نبود و حتی کاشانی از او انتقاد هم می‌کرده است.
غالباً در حوادثی که به کودتای ۲۸ مرداد انجامید، نام بهبهانی نیز مطرح است، اما در چند و چون آن اختلاف نظر وجود دارد. برخی برای او نقش تعیین کننده‌ای قائل‌اند و بسیج گروه‌هایی از اوباش را در روز ۲۷ مرداد در حمایت از محمدرضا پهلوی که بعد از شکست کودتای ۲۵ مرداد از کشور فرار کرده بود به او نسبت می‌دهند. این گروه‌ها به تظاهرات ضدامریکایی و ضدشاه که توده ای‌ها به راه‌انداخته بودند، حمله کردند. آشوبگرانِ روز ۲۸ مرداد را نیز که همراه کودتاچیان، رادیو را تصرف و خانه دکتر مصدق را محاصره و سپس غارت کردند، همان نیروهای بهبهانی، کاشانی و بقایی دانسته‌اند. برخی نیز گفته‌اند که ملکه مادر در این دوره بارها به منزل بهبهانی و کاشانی رفته و از آنها برای حمایت شاه استمداد کرده است. برخی نویسندگان در تحلیل موضع بهبهانی در این سال‌ها و جهت گیری او نسبت به دولت مصدق، ترسِ از به قدرت رسیدن حزب توده را مطرح کرده‌اند؛ در برابر، گفته شده است که او خود در بزرگ نمایی خطر حزب توده نقش داشته است. بهبهانی بعد از کودتاپس از کودتا، محمدرضاشاه، طی تلگرافی از رم به بهبهانی خواست که دستورات دولت زاهدی، رهبر کودتا، اجرا شود؛ بهبهانی نیز طی تلگرافی به شاه پاسخ مثبت داد.در سوم شهریور همان سال نیز بهبهانی در کاخ سعدآباد با شاه ملاقات و گفتگو کرد.
واقعه دیگری که بهبهانی در آن نقش جدی داشت، مقابله با فرقه بهائی بود. در پی فشار روزافزون مراجع تقلید، علما و مردم به دولت نسبت به رشد فرقه بهائی و فعالیت‌های آزادانه آنها، شاه مجبور شد دستور بسته شدن خطیرة القدس، مرکز تجمع بهائیان، را صادر کند. بهبهانی در تحقق این خواسته علما و مردم بسیار کوشید و پس از آن نیز در سوم اردیبهشت ۱۳۳۴ طی ملاقاتی با شاه از او تشکر کرد.
روابط بهبهانی با پهلوی، از ۱۳۳۷ ش به بعد رو به تیرگی نهاد. به دنبال تصویب قانون انجمن‌های ایالتی و ولایتی در ۱۶ مهر ۱۳۴۱، که در آن شرط قسم به قرآن و مسلمان بودن از شرایط انتخاب شوندگان و انتخاب کنندگان حذف و به زنان نیز حق رأی داده شده بود، رابطه بهبهانی و حکومت تیره‌تر شد.[۲۸]در پی تصویب این قانون، علمای قم و نجف، همچون آیت الله حکیم و آیت الله خویی، با تلگراف به بهبهانی خواستار اقدام او برای لغو این قانون شدند و او نیز طی تلگرافی به شاه بر این خواسته تأکید کرد. بهبهانی برای اعتراض به این قانون، مردم را به اجتماع در مسجد سید عزیزالله، در بازار تهران، فراخواند. در این مراسم، پس از سخنرانی خطیب مشهور تهران، محمدتقی فلسفی، بهبهانی با وجود کهنسالی به منبر رفت و از نخست وزیر خواست که این قانون اصلاح شود.از آنجا که دولت به این اعتراض‌ها توجهی نکرد، بهبهانی و سه نفر از مجتهدان، تصمیم گرفتند در مسجد حاج سیدعزیزالله، تحصن و مردم را به حضور در مسجد دعوت کنند. زمانی که بی‌اعتنایی دولت شدت یافت، بهبهانی که حدود نود سال داشت وصیت کرد که اگر در این میان از دنیا رفت، جنازه او را تا این قانون لغو نشده در مسجد گذاشته دفن نکنند. سرانجام، نخست وزیر در تلگرافی به علمای قم و تهران لغو تصویب نامه را اعلام کرد و با قبول خواسته‌های مراجع، اجتماعات بعدی نیز لغو شد.
در همه پرسی اصول شش گانه انقلاب سفید، آیت الله خویی در تلگرافی به بهبهانی، انقلاب سفید را مورد اعتراض قرار داد[۳۰] و بهبهانی نیز طی نامه‌ای به عَلَم، نخست وزیر وقت، صریحاً دولت را از تقسیم املاک موقوفه و دخالت در امور این املاک بازداشت.
هنگامی که امام خمینی همه پرسی شاه را برای انقلاب سفید تحریم کرد، آیت الله بهبهانی در کنار آیت الله سیداحمد خوانساری به تحریم همه پرسی فتوا داد. در دوم بهمن ۱۳۴۱، محمدتقی فلسفی در منزل بهبهانی در مخالفت با همه پرسی سخنرانی کرد. این اجتماع در نهایت به زدوخورد با پلیس منجر شد و به دنبال آن بهبهانی تحت نظر قرار گرفت و از خروج او از منزل جلوگیری شد. بدین ترتیب، این بار بهبهانی به طور مستقیم رودرروی دربار قرار گرفت.[۳۱]فاجعۀ مدرسۀ فیضیه
هنگامی که آیت الله خمینی و مراجع تقلید، نوروز ۱۳۴۲ را عزای ملی اعلام کردند، بهبهانی نیز با صدور اعلامیه‌ای با ایشان همراه شد و در فاجعه فیضیه نیز جنایت رژیم شاه را به شدت محکوم کرد.
پس از قیام پانزده خرداد ۱۳۴۲، بهبهانی بیانیه‌ای صادر و در آن «جنایت هیئت حاکمه» را بشدت محکوم کرد. او با به کار بردن عباراتی صریح، از «مقاومت مجدّانه روحانیت مذهب مقدس جعفری در مقابل اعمال و فجایع ناشیانه دولت» سخن گفت و از آن زمان بود که بیش از پیش مورد غضب حکومت واقع شد و حتی از انتخاب فرزند او به نمایندگی مجلس نیز جلوگیری به عمل آمد.
وی در ۲۰ آبان ۱۳۴۲، در تهران بر اثر سرطان درگذشت؛ روز وفات او عزای رسمی اعلام شد و جنازه او به نجف انتقال یافته و در حجره شماره ۲۹ حرم امیرالمومنین(ع) دفن شد.
